Trung tâm Bảo tồn Thiên nhiên và Phát triển đang tập trung thực hiện một số chương trình sau:

1 Chương trình quản trị các khu bảo vệ – tập trung vào nâng cao năng lực quản trị và quản lý các khu bảo vệ ở Việt Nam gồm các Vườn quốc gia, Khu bảo tồn, Khu dự trữ sinh quyển, Khu di sản.
2 Chương trình bảo tồn Linh trưởng quý hiếm – tập trung vào nhóm Vượn mào (Nomascus), Khỉ ăn lá (Colobinae) và Culi (Nycticebus).
3 Chương trình bảo tồn các loài động vật đang bị đe dọa – tập trung vào các loài đang bị tác động bởi các hoạt động săn, bẫy và buôn bán bất hợp pháp và giảm cầu tiêu thụ về động vật hoang dã.
4 Chương trình quản lý và giảm thiểu xung đột giữa cộng đồng và động vật hoang dã bao gồm các hoạt động tuyên truyền và giảm thiểu xung đột voi-người.
5 Chương trình bảo tồn thực vật và cây gỗ – tập trung vào tăng cường năng lực quản lý các loài thực vật nguy cấp và cây gỗ quý hiếm đang bị đe dọa bởi các hoạt động khai thác bất hợp pháp như nhóm gỗ trắc, các loài lan và cây thuốc.
6 Chương trình Rừng – tập trung vào hỗ trợ quản lý rừng bền vững và chứng chỉ rừng.
7 Chương trình phát triển dịch vụ hệ sinh thái, dịch vụ môi trường và du lịch sinh thái.
8 Chương trình truyền thông bảo tồn – tập trung vào các hoạt động truyền thông và giáo dục về môi trường, bảo tồn thiên nhiên và truyền thông thay đổi hành vi nhằm giảm cầu về động vật hoang dã.
9 Chương trình sinh kế bền vững – tập trung vào hỗ trợ cho cộng đồng vùng miền núi và vùng đệm của các khu bảo vệ, ưu tiên cho đồng bào thiểu số và phụ nữ.